En julio del año 2000, como parte de las políticas públicas en materia de Derechos Humanos, esta Secretaría creó una Subsección de Derechos Humanos dentro de la estructura del Estado Mayor de la Defensa Nacional.
Con el propósito de realizar estudios, análisis y dar seguimiento a los aspectos relacionados con esta materia.
En febrero de 2007, se creó la Subdirección de Derechos Humanos como parte de la planilla orgánica de la Dirección General de Justicia Militar, para abordar de manera independiente al ámbito de la administración y procuración de justicia, los asuntos de presuntas violaciones a los Derechos Humanos por parte de personal militar.
Con fecha 1 de enero de 2008, el Secretario de la Defensa Nacional dispuso la creación de la Dirección General de Derechos Humanos, considerando dentro de su estructura áreas especializadas en materia de Derechos Humanos, Derecho Internacional Humanitario y Equidad de Género, cuyo objeto es dar la debida atención integral a la promoción, difusión y respeto a los Derechos Humanos, así como mantener una temática en términos de estructura orgánica y recursos, administrativos y presupuestales.
Desde el 1 de enero de 2008, la Secretaría de la Defensa Nacional cuenta, con la Unidad de Enlace denominada “Oficina de Atención Ciudadana”, para garantizar el ejercicio del derecho de petición y de acceso a la información de la sociedad en general, en asuntos de la competencia de esta Dependencia del Ejecutivo Federal, siendo esta parte coadyuvante en la atención a los Derechos Humanos.
Debido a la Necesidad de establecer vínculos de comunicación entre la Secretaría de la Defensa Nacional y la sociedad civil, el 22 de junio de 2010, se creó al interior de esta Dependencia, la Unidad de Vinculación Ciudadana, que tiene como objetivo generar los acercamientos necesarios para la solución de conflictos de manera oportuna y eficaz, entre el Ejército y Fuerza Aérea Mexicanos y la sociedad civil en general, ocasionados con motivo de la presencia militar en áreas urbanas para combatir al crimen organizado, desarrollando una metodología para establecer, articular y mantener una adecuada y efectiva comunicación entre los citados interlocutores.