La primera administración de CAPUFE comprendía las autopistas México-Cuernavaca, Cuernavaca-Amacuzac, Amacuzac-Iguala y las obras en proyecto de la autopista México-Querétaro y del puente sobre el Río Sinaloa.
En 1959, la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas se transformó en la Secretaría de Comunicaciones y Transportes, y de la mano a dicho cambio se creó la Secretaría de Obras Públicas, y Caminos Federales de Ingresos modificó su denominación a Caminos y Puentes Federales de Ingresos.
Con el inicio del servicio de transbordadores entre Zacatal y Ciudad Carmen, el Gobierno Federal se vio en la necesidad de establecer un organismo conexo para alquilar la maquinaria pesada necesaria para construcción, por lo que el 29 de junio de 1963, se ampliaron las funciones de Caminos y Puentes Federales de Ingresos para dotarlo de la capacidad de administrar servicios conexos como transbordadores para el servicio marítimo y fluvial, así como el establecimiento y administración de plantas para la elaboración de productos para la pavimentación.
Para 1997, se da inicio a la modernización de los sistemas de cobro en las autopistas operadas por Caminos y Puentes Federales, la cual incluyó el desarrollo de un sistema de peaje propio y la modernización de las plazas de cobro con el objetivo de brindar nuevas opciones de pago a los usuarios.
El año 1998 resulta de vital importancia para la historia de Caminos y Puentes Federales, ya que recibe del Banco Nacional de Obras y Servicios Públicos, BANOBRAS, la transferencia de 23 concesiones rescatadas para su operación, conservación y mantenimiento.
A partir de 2013, CAPUFE ha buscado consolidar su posición en el país como el principal operador de autopistas y puentes de cuota, enfocando sus esfuerzos en mejorar la atención que se brinda a los usuarios mediante el uso de tecnología de punta, fortalecer los esquemas de obra pública y seguridad vial, e incrementar su productividad y autosuficiencia financiera. CAPUFE, una trayectoria de casi 60 años, que ha contribuido a forjar la historia de los caminos en México, cuya prioridad es continuar brindando servicios de calidad y ofrecer las mejores condiciones de seguridad a los millones de usuarios que transitan por sus autopistas diariamente.