El Programa de Salud Materna y Perinatal del CNEGSR tiene como propósito fundamental reducir los rezagos en la atención de todas las mujeres, sus parejas y sus recién nacidos durante la etapa pregestacional, el embarazo (prenatal), parto, puerperio y la etapa neonatal, y que las intervenciones efectivas, preventivas e integrales y de calidad logren el impacto en las mujeres y que manifiesten satisfacción por el trato digno y respetuoso que reciben de los prestadores de servicios de salud.
El acceso de la atención a grupos de alta marginación, adolescentes y población de alto riesgo es una de las prioridades ya que, la evidencia científica a determinado que las mayores tasas de morbilidad y mortalidad materna y perinatal se encuentran en estos grupos.