Con esos memorables actos, el Gobierno de la República asumió las facultades de cuidar, dirigir y mantener los hospitales y establecimientos de beneficencia que desde la conquista se encontraban en manos de la Iglesia; encomendó su administración a la Dirección General de Fondos de Beneficencia Pública, la que se constituyó por Decreto de 2 de marzo de 1861.

El decreto de creación otorga a esa Dirección General amplias facultades para administrar las fincas, capitales y rentas pertenecientes a los establecimientos, así como los recursos fiscales y los provenientes de particulares destinados a propósitos de beneficencia. En 1867, un nuevo decreto transforma aquel órgano en junta, a la que denominó Dirección de Beneficencia Pública.

En el siglo actual el más importante fundamento jurídico de la Beneficencia Pública se encuentra en la Constitución de 1917, cuyo artículo 27, fracc. III establece la ayuda a necesitados como objeto de la institución.

Así mismo el Código Civil vigente desde 1932, en sus artículos 1602, 1636 y 1637, concede a la Beneficencia Pública facultades específicas para recibir, en ausencia de los herederos, bienes y recursos para destinarlos a los fines propios de la Institución.

En 1937 la entonces Secretaría de Asistencia Social era responsable, de la Administración del Patrimonio de la Institución, y por medio del acuerdo presidencial del 26 de marzo de 1947, publicado en el Diario Oficial de la Federación. El 7 de mayo del mismo año, la entonces Secretaría de Salubridad y Asistencia recibe la facultad para administrar el Patrimonio de la Beneficencia Pública.

Se ratifica dicha facultad a la Secretaría de Salubridad y Asistencia (luego de salud) en la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal de 1976 y en todas sus modificaciones posteriores.

En todos los casos, de la historia reciente de la Administración Pública y en particular de la Secretaría de Salud, la Administración del Patrimonio de la Beneficencia Pública ha recaído en un órgano semiautónomo, con características especiales para el adecuado desarrollo de las funciones que le son propias.

Así lo recoge el primer Reglamento Interno de la Secretaría de Salubridad y Asistencia de 1973 e igualmente se ratifica en los sucesivos reglamentos internos de 1977, 1978, 1981, 1983, 1984, 1985, 1988, 1988, 1997, 2000, 2001 y 2004. En todos, se han preservado las disposiciones contenidas en el Acuerdo Presidencial de 1947, en el sentido de encomendar a una unidad de facultades desconcentradas la administración de los bienes de la Beneficencia Pública, en tanto que estos no pertenecen ni pueden ser beneficios del estado.

Por ello, en el Reglamento de 1981, se reconoce a la unidad encargada de su administración, la facultad para ejercer de manera directa ante los tribunales, la representación y defensa de sus intereses, y no a través de la Dirección General de Asuntos Jurídicos de la Secretaría de Salud.

Desde 1973, cuando se expide el primer Reglamento de la Secretaría, a la Administración del Patrimonio de la Beneficencia Pública también se le han concedido atribuciones delegadas por parte de la Secretaría de Salud: en 1984, la facultad para Administrar el Sistema Nacional de Cuotas de Recuperación y proporcionar apoyos financieros a las áreas y unidades de la Secretaría, y en 1985 las facultades para asignar los subsidios que otorga la dependencia a Instituciones Hospitalarias y administrar el fondo rotatorio de la misma Secretaría.

En acuerdo girado por la Subsecretaría de Ingresos de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, se delega a la Administración del Patrimonio de la Beneficencia Pública, la atribución para autorizar de manera interna los tabuladores de las Instituciones de Salud de la Secretaría y la autoriza a fijar dichos productos tomando en consideración los costos incurridos en la prestación de los servicios y las condiciones socioeconómicas de los usuarios, tal como lo menciona la Ley General de Salud.

Reconociendo las importantes acciones de la Beneficencia Pública a favor de las personas más desprotegidas de nuestra sociedad, al celebrar su Tercera Reunión Ordinaria en abril de 1995, el Consejo Nacional de Salud, presidido por el Secretario de Salud, adoptó el acuerdo de promover la creación de las Beneficencias Públicas Estatales.

Actualmente, existen diversos Estados de la Federación que a partir de decretos expedidos por Gobernadores de las respectivas entidades, y en su caso por iniciativas de Ley de las Legislaturas Estatales, ya cuentan con su Beneficencia Pública.