DIE - Dirección de Información Epidemiológica:
Coordinar el componente del Sistema de la Notificación Semanal de Casos Nuevos de Enfermedad Sujetos a Vigilancia Epidemiológica, analizar la información y difundir los resultados en forma periódica, para mantener actualizado el panorama epidemiológico.
DVEET - Dirección de Vigilancia Epidemiológica de Enfermedades Transmisibles:
Coordinar los sistemas de vigilancia epidemiológica de enfermedades transmisibles sujetas a vigilancia epidemiológica para obtener información y conocimientos epidemiológicos que orienten las acciones de los programas de acción correspondientes.
DVEENT - Dirección de Vigilancia Epidemiológica de Enfermedades no Transmisibles:
Coordinar la vigilancia epidemiológica de las enfermedades no transmisibles sujetas a vigilancia epidemiológica, mediante los sistemas especiales para mantener actualizado el panorama epidemiológico de dichas enfermedades.
DIOE - Dirección de Investigación Operativa Epidemiológica:
Coordinar el desarrollo de investigación operativa y la implementación de nuevas tecnologías para fortalecer la vigilancia epidemiológica, así como generar información de riesgos epidemiológicos, para ser utilizados por los programas de prevención y promoción de la salud.
DDR - Dirección de Diagnóstico y Referencia:
Conducir los procesos técnicos, a través de: marco analítico, diagnóstico, referencia, capacitación, desarrollo tecnológico e investigación que se realizan en el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos y en la Red Nacional de Laboratorios de Salud Pública, relativos a la identificación de enfermedades de importancia en Salud Pública para apoyar las acciones de prevención, control de enfermedades y promoción de la salud.
DSAT - Dirección de Servicio y Apoyo Técnico:
Establecer las políticas de operación de biología molecular y validación de técnicas, control de muestras y servicios, investigación, histopatología, entomología, capacitación, informática gestión de la calidad, bioterio, coordinación de la red, gestión ambiental, bioseguridad y bioprotección, en el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos y en la Red Nacional de Laboratorios de Salud Pública, mediante la planeación estratégica para apoyar las acciones de prevención, control de enfermedades y promoción de la salud, como parte integral de la vigilancia epidemiológica.