Por Decreto de fecha 24 de abril de 1928, publicado el 16 de mayo del mismo año, se emite el primer Reglamento del Registro Agrario Nacional, estableciéndolo como una oficina bajo la dirección del Presidente de la Comisión Nacional Agraria, en la que se inscribirían la propiedad ejidal proveniente de restituciones o dotaciones de tierras, bosques o aguas, así como la propiedad parcelaria individual correspondiente a cada ejidatario.

Por Decreto de fecha 16 de enero de 1934, publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 17 del mismo mes y año se creó el Departamento Agrario, el cual entre sus atribuciones tenía la de llevar el Registro Agrario, habiéndose establecido en el Título Séptimo del Código Agrario de fecha 22 de marzo de 1934, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 12 de abril del mismo año, que comprendía de los artículos 109 al 116 inclusive, lo relativo a las funciones del Registro Agrario Nacional así como los documentos que debían inscribirse en éste.

El Código Agrario de fecha 31 de diciembre de 1942, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 27 de abril de 1943, en su Título Sexto del Libro Cuarto, consistente en siete artículos, comprendió las funciones relativas al Registro Agrario Nacional así como los documentos que debían inscribirse en dicho Registro.

Posteriormente, el Reglamento Interior del Departamento Agrario de fecha 26 de julio de 1944, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 23 de agosto del mismo año, estableció en su artículo 44, la adscripción del Registro Agrario Nacional a la Dirección de Derechos Agrarios, la cual dentro de sus atribuciones debía inscribir los certificados y títulos derivados de acuerdos y resoluciones presidenciales en el propio Registro Agrario Nacional.

Por Decreto de fecha 15 de junio de 1960, publicado en el Diario Oficial de la Federación el primero de julio de ese año, se expide el Reglamento Interior del nuevo Departamento de Asuntos Agrarios y Colonización, estableciéndose en sus artículos del 83 al 88, las funciones de las diversas secciones de la oficina del Registro Agrario Nacional.

Con fecha 11 de noviembre de 1963, se expide un nuevo Reglamento Interior del Departamento de Asuntos Agrarios y Colonización, publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 26 de ese mismo mes y año, y en el que se mantienen inalterables las funciones de la entonces oficina del Registro Agrario Nacional.

Mediante Decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 31 de diciembre de 1974, se llevaron a cabo diversas reformas a la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado, de entre las que destacan la desaparición del Departamento de Asuntos Agrarios y Colonización y la creación de la Secretaría de la Reforma Agraria.

Por Decreto de fecha 20 de septiembre de 1977, publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 22 de septiembre de ese año, se expidió el Reglamento Interior de la Secretaría de la Reforma Agraria, otorgándole al Registro Agrario Nacional el nivel de Dirección General, estableciendo en el artículo 40 del mencionado Reglamento las atribuciones del Registro.

Con fecha 4 de mayo de 1979 se publica en el Diario Oficial de la Federación el Decreto de fecha 23 de abril de ese año, por el que se expide el Reglamento Interior de la Secretaría de la Reforma Agraria, manteniéndose en esencia las atribuciones conferidas al Registro en el anterior Reglamento.

En el año de 1980, se expiden dos Reglamentos Interiores de la Secretaría de la Reforma Agraria con fechas 6 de marzo y 25 de noviembre, publicados en el Diario Oficial de la Federación el 19 de marzo y el 1º de diciembre, respectivamente; adscribiéndose el Registro Agrario Nacional en el primero de ellos a la Dirección General de la Tenencia de la Tierra, según lo establecido en la fracción XXV del Artículo 25 y, en el segundo de los Reglamentos, a la Dirección General de Información Agraria según se estableció en la fracción XVIII del artículo 17.

Los Reglamentos Interiores de la Secretaría de la Reforma Agraria de fechas 26 de agosto de 1985 y 6 de abril de 1989, publicados ambos en el Diario Oficial de la Federación el 27 de agosto de 1985 y 7 de abril de 1989 respectivamente, le devuelven al Registro Agrario Nacional el nivel de Dirección General, estableciéndose de manera similar en ambos las atribuciones del Registro.

A partir de las reformas al artículo 27 constitucional publicadas en el Diario Oficial de la Federación el 6 de enero de 1992 y con la publicación de la Ley Agraria el 26 de febrero del mismo año, se establece el funcionamiento del Registro Agrario Nacional como un órgano administrativo desconcentrado de la Secretaría de la Reforma Agraria.

El 11 de agosto de 1992, se publica el Reglamento Interior del Registro Agrario Nacional otorgándole a éste autonomía técnica, administrativa y presupuestal, cuyo objetivo principal es el control de la tenencia de la tierra y la seguridad documental derivada de la aplicación de la Ley Agraria. Para el ejercicio de las funciones del Registro, el Reglamento contempla las siguientes unidades administrativas: Dirección en Jefe, Dirección General de Titulación y Control Agrario, Dirección General de Registro y Asuntos Jurídicos, Dirección General de Catastro Rural, Coordinación Administrativa, Unidad de Contraloría Interna y las Delegaciones Estatales del Registro.

Por decreto de fecha 26 de abril de 1993, publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 27 de abril de ese año, fueron reformados diversos artículos del Reglamento Interior del Registro Agrario Nacional mencionado en el punto que antecede, destacando entre otras reformas la modificación de las funciones y nomenclaturas de algunas de las unidades administrativas del Registro ( la Dirección General de Titulación y Control Agrario cambia su denominación por Dirección General de Certificación, Titulación e Inscripción de Sociedades), el cambio de nombre de los folios agrarios, la modificación para la substanciación del recurso de inconformidad y la inclusión del capítulo relativo a la utilización de los medios electrónicos en la actividad registral.

Con la publicación del Reglamento Interior de la Secretaría de la Reforma Agraria, el 11 de julio de 1995, se establece la continuidad del Registro Agrario Nacional como órgano administrativo desconcentrado de la misma, añadiéndosele funciones de asistencia técnica y catastral en los diversos procedimientos del ordenamiento de la propiedad rural, además de las funciones de resguardo, acopio, archivo y análisis documental del Sector Agrario.

Con fecha 4 de abril de 1997 se expide un nuevo Reglamento Interior del Registro Agrario Nacional, publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 9 de abril de 1997, en el cual se establecen las normas de organización y funcionamiento del Registro Agrario Nacional, como órgano desconcentrado de la Secretaría de la Reforma Agraria, con autonomía técnica y presupuestal, conforme a las atribuciones y facultades que expresamente le confiere la Ley Agraria, otras leyes y reglamentos, así como los acuerdos e instrucciones del Secretario de la Reforma Agraria, mencionándose en el Título Primero relativo a las Disposiciones Generales, que con el objeto de lograr el control de la tenencia de la tierra y la seguridad documental respecto de los predios rústicos, el Registro tendrá a su cargo las funciones registral, de asistencia técnica y catastral. Igualmente, se establece que el Registro tendrá a su cargo las funciones de resguardo, acopio, archivo y análisis documental del Sector Agrario, siendo de vital importancia para el cumplimiento de las mismas, el Archivo General Agrario.

Este nuevo Reglamento contempla cambios en la organización y nomenclatura de las unidades administrativas del RAN: Dirección en Jefe (permanece igual); Dirección General de Titulación y Control Documental (pierde en su nomenclatura el término "Certificación", transfiriendo a la Dirección General de Registro las funciones de la Dirección de Inscripción de Sociedades, e incorporando a la Dirección de Información Rural, antes dependiente de la Dirección General de Catastro Rural); Dirección General de Registro (de nueva creación: le son adscritas la Dirección de Normatividad Registral, antes dependiente de la Dirección General de Registro y Asuntos Jurídicos, y la Dirección de Inscripción de Sociedades, antes adscrita a la Dirección General de Certificación, Titulación e Inscripción de Sociedades); Dirección General de Asuntos Jurídicos (de nueva creación: se constituye con las Direcciones de Área de lo Consultivo y de lo Contencioso, antes pertenecientes a la Dirección General de Registro y Asuntos Jurídicos); Dirección General de Catastro Rural (cambios: La Dirección de área de Catastro Ejidal cambia su denominación por Dirección de Catastro Rural.

Por su parte, la Dirección de información Rural pasa a depender ahora de la Dirección de la Dirección General de Titulación y Control Documental, al mismo tiempo que se formaliza en la estructura aprobada la Dirección Técnica); Dirección General de Finanzas y Administración (cambio de nomenclatura: antes denominada Coordinación de Administración); Dirección General de Delegaciones (de nueva creación: hereda las funciones de la Coordinación de Delegaciones, instancia antes no contemplada formalmente como unidad administrativa); Delegaciones (agrega funciones que se reflejan en una nueva estructura organizacional interna y en nuevas nomenclaturas de las subdelegaciones y jefaturas de departamento); Unidad de Contraloría Interna (cambios: esta Unidad tiene particularidades, tanto en la forma de designar a su titular como en las facultades y funciones que le corresponden, contempladas en artículo 37, fracción XII de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal).

En 1997 en el Diario Oficial de la Federación se publica el Reglamento Interno del Registro Agrario Nacional en el que se establece que esa institución constituirá un Archivo General Agrario que se encargará de la custodia, clasificación y catalogación de los documentos en materia agraria, con el objeto de facilitar la organización y consulta de dicha información.

El 15 de enero de 2008 se expidió el nuevo Reglamento Interior de la Secretaria de la Reforma Agraria, en donde se hace mención en el Capítulo I, Artículo 2 inciso B; del Registro Agrario Nacional como Órgano Desconcentrado, que funcionaría conforme a las prescripciones de los artículos 148 de la Ley Agraria, 17 de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal y demás disposiciones normativas aplicables.

En el año 2012 se emitió un nuevo Reglamento Interior del Registro Agrario Nacional, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 12 de octubre de 2012, con el propósito de formalizar acciones que permitan concretar el Programa de Modernización del Catastro Rural Nacional (PMCRN), entre las que resaltan la modernización administrativa y organizacional para incrementar la eficiencia en la atención a usuarios y que derivó, entre otros aspectos, en una restructuración integral que consistió en la fusión de la Dirección General de Titulación y Control Documental con la Dirección General de Registro, quedando como Dirección General de Registro y Control Documental; se creó la Coordinación Interinstitucional que asume las funciones de planeación estratégica, evaluación, vinculación, control interno y de coordinación de las 32 Delegaciones Estatales; la Dirección General de Catastro Rural cambió su nomenclatura a Dirección General de Catastro Rural y Asistencia Técnica; se creó la Dirección General de Operación y Sistemas, como responsable de la operación, seguridad y mantenimiento de las tecnologías de la información y comunicaciones que se requieren para soportar las actividades de registro y de seguridad jurídica en la información que se incorpore, procese y almacene; además de que se redefinen las atribuciones de las Delegaciones en congruencia con los movimientos realizados en el nivel central, y la Unidad de Contraloría Interna actualizó su denominación a Órgano Interno de Control. Asimismo, a nivel de Dirección se canceló la Dirección de Sociedades y Acuerdos de Asamblea; la Dirección Técnica, se reubica la Dirección de Informática y se crea la Dirección de Información Rural, además de diversos movimientos en la denominación y adscripción de las subdirecciones, subdelegaciones y departamentos.

Por Decreto de 26 de diciembre de 2012, se reforman, adicionan y derogan diversas disposiciones de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 2 de enero de 2013, entre las cuales se reforma el artículo 41 que correspondía a la Secretaría de la Reforma Agraria, quedando como Secretaría de Desarrollo Agrario, Territorial y Urbano, quien de acuerdo al artículo Decimo Transitorio le corresponde ser la dependencia que continuará atendiendo los asuntos pendientes de la materia agraria, en términos de lo establecido por el artículo tercero transitorio del Decreto por el que se reforma el artículo 27 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, publicado en el Diario Oficial de la Federación del 6 de enero de 1992, situación por la cual el Registro Agrario Nacional, de conformidad con el referido artículo 41, apartado III, será administrado por la mencionada Secretaria.