La Productora Nacional de Biológicos Veterinarios se integró desde 2006 al Programa Nacional de Auditoría Ambiental de la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA) y que consiste en una serie ordenada de actividades necesarias para fomentar la realización de auditorías ambientales que evalúan los procesos de una empresa respecto de la contaminación y el riesgo ambiental, el cumplimiento de la normatividad aplicable, de los parámetros internacionales y de buenas prácticas de operación e ingeniería.

Este programa ha permitido a la Entidad mejorar la eficiencia de sus procesos de producción y desempeño ambiental gracias a que promueve la identificación de oportunidades de mejora, así como también la instrumentación de proyectos que han reducido la contaminación e incrementan la competitividad.

El certificado Industria Limpia otorgado a PRONABIVE se ha mantenido vigente como parte de su compromiso para proteger y mantener el Medio Ambiente en armonía con su actividad industrial.