Debido a la infraestructura que se desarrolló durante finales del siglo XIX y durante el siglo XX, el Istmo de Tehuantepec cuenta con una conexión ferroviaria que va de norte a sur, del puerto de Coatzacoalcos al puerto de Salina Cruz. Sin embargo, ambos puertos se encuentran subutilizados.
Algo similar sucede con el Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec, el cual recorre los 316 km de vías en 8 horas y 9 minutos, a una velocidad promedio de 38.8 km/hora.
Los caminos que recorren los más de 7 mil kilómetros de carreteras presentan problemas debido a las condiciones de ambiente de alto grado de humedad y de salinidad. Por otro lado, existen localidades, dentro de la región, que aún no tienen acceso a la energía eléctrica.
Antes esta problemática regional, el Programa Istmo busca ampliar la infraestructura a través de inversiones orientadas a subsanar la desigualdad del Istmo de Tehuantepec respecto a otras regiones del país.