El Programa Istmo tiene como premisa el respeto a los derechos de los pueblos originarios del Istmo de Tehuantepec. En ese sentido, es a través del diálogo continuo como se garantiza el derecho de participación de las y los habitantes de la región.
De los 79 municipios que forman el área de influencia del Programa Istmo, en 43 de ellos la población indígena es superior al 50%; 28 municipios registran un porcentaje mayor al 80% y siete de ellos superan el 95%.
Por lo tanto, reforzar la cultura e identidad regional de los pueblos originarios es importante para su integración y participación dentro de la política pública del Gobierno de México.