1. Laboratorio de Compuestos Orgánicos Volátiles: Cuenta con equipos de cromatografía de gases con detector de conductividad térmica (GC-TCD) y espectrometría de masas (GC-MS)  para la cuantificación de contaminantes orgánicos volátiles en muestras colectadas en canisters y cartuchos o directamente de aire ambiente.

  2. Laboratorio de Calibración y Transferencia de Estándares: Realiza campañas de caracterización de la calidad del aire en ciudades y sitios seleccionados, así como evaluaciones técnicas de los instrumentos de los sistemas de Monitoreo de Calidad del Aire del país mediante la operación de unidades móviles. Apoya técnicamente a los sistemas de monitoreo atmosférico del país y capacita a su personal operativo.  Opera y mantiene los estándares que permiten establecer la referencia para las mediciones que realizan los sistemas de monitoreo de calidad del aire del país, dando trazabilidad a dichas mediciones e incrementando la confiabilidad de la información generada.

  3. Laboratorio de Organismos Genéticamente Modificados: Cuenta con el equipamiento para realizar la detección e identificación de organismos genéticamente modificados.

  4. Laboratorio de exposición personal. En este Laboratorio se prepara el equipo que saldrá a territorio a la toma de muestras, se acondicionan de manera preventiva, correctiva y en calibraciones.

  5. Laboratorio de Caracterización Química de Partículas: Cuenta con un espectrofotómetro de fluorescencia de rayos X (XRF) que determina los elementos químicos ligeros y pesados y un analizador termo-óptico (TOC) para medir fracciones de carbono orgánico y carbono elemental.

  6. Laboratorio de Acondicionamiento y Pesaje de Filtros: Cuenta con instrumental para realizar el análisis gravimétrico de partículas suspendidas  PM1, PM 2.5 y PM10.

  7. Laboratorio de Cromatografía Líquida: Cuenta con equipos de cromatografía de líquidos, cromatografía de iones y cromatografía de gases con espectrometría de masas triple cuadrupolo (GC-MS-QQQ), los cuales son instrumentos altamente especializados para  la cuantificación de aniones, cationes y herbicidas entre otros.

  8. Laboratorio de Espectrometría de Elementos: Cuenta con espectrómetros de masas con fuente de plasma de acoplamiento inductivo acoplado a cromatografía de líquidos (ICP-MS-HPLC), espectrómetro óptico de emisión (ICP-AES) y espectrómetro de absorción atómica de vapor frío (CVAAS), que permiten la identificación y cuantificación de metales y elementos.