Durante la época virreinal las relaciones de Chiapas y del Soconusco eran más estrechas con Guatemala que con el centro de México. Debido a la riqueza que poseía la región del Soconusco, la Corona Española decidió mantener esa zona independiente del control virreinal, su gobernador era impuesto desde la metrópoli para poder agilizar el saqueo, por lo que, a pesar de tener una estrecha relación con Guatemala, el Soconusco mantenía una relativa independencia, tanto de esta Capitanía General como del Virreinato de la Nueva España.
Fue en 1821 cuando se expidió un decreto mediante el cual se anexaba Chiapas al Imperio de Iturbide en México. A partir de este momento se inició en Chiapas un período complicado, debido a los problemas que se gestaron ante la disyuntiva de integrarse al territorio mexicano o bien permanecer como parte de la federación centroamericana o conformar un estado nacional independiente.
Aunque la región del Soconusco estaba incluida en este proceso de conformación del estado-nación en México y formar parte de Chiapas, en el año de 1824, esa zona se vio envuelta en un conflicto político en torno a la decisión de incorporarse a México o bien a Guatemala, independientemente de la decisión del Chiapas.
Sus autoridades y habitantes sabían de su débil posición política, por lo que en mayo de 1824 organizaron una consulta democrática por la que decidieron su incorporación a México. Pero en julio del mismo año, el ayuntamiento de Tapachula levantó acta donde expresaba su decisión de separar al Soconusco de Chiapas e incorporarse a las Provincias Unidas de Centroamérica, así la Asamblea Legislativa de Guatemala al recibir el acta de Tapachula del 24 de julio de 1824, incorporó a el Soconusco a la Federación Centroamericana formando parte del estado de los Altos cuya cabecera era Quetzaltenango.
Ante este conflicto, los gobiernos mexicano y guatemalteco deciden dejar la región del Soconusco como zona neutral, alrededor de diecisiete años esta región se mantuvo autónoma y funcionó solamente con autoridades municipales.
Sin embargo, el alcalde de Tapachula, el 18 de mayo de 1840, ante la inestabilidad que existía en la región, la cual se encontraba en completo abandono y expuesta a invasiones; solicitó ayuda al gobierno de México para incorporarse a la Federación, pero los conflictos internos impidieron que se concretara la adhesión de ese territorio a México.
En 1842, la región del Soconusco fue invadida por tropas de Santa Anna. Guatemala, que ya era una República separada de la Federación Centroamericana, protestó y se limitó a publicar un acta de reclamación del territorio. Ante esos conflictos, los municipios de Escuintla, Tapachula y Tuxtla Chico pertenecientes a la región del Soconusco, firmaron documentos en los que expresaban su deseo de incorporarse a la República Mexicana.