La historia de Puerto Morelos es tan antigua como la de Quintana Roo, y ha sido sin duda, pieza clave para el desarrollo de esa entidad.
El 29 de febrero de 1936, por resolución presidencial, 51 habitantes fundaron el Ejido de Puerto Morelos, era un poblado con casas de madera, un faro, un muelle, una sola calle paralela a la costa y un almacén. Con la creación de Quintana Roo como entidad federativa, Puerto Morelos estuvo bajo la administración política del municipio de Isla Mujeres durante un breve lapso de tiempo, después se transfirió a Cozumel al cual perteneció durante varias décadas y posteriormente al municipio de Benito Juárez.
En septiembre de 1967 el poderoso huracán “Beulah” inclinó el único faro que había en el puerto, el cual actualmente es símbolo de la identidad del lugar y representa la fortaleza de la población porque este faro permanece pese a que han pasado varios huracanes por esa región.
Fue el 6 de noviembre de 2015 cuando la XIV Legislatura del Congreso del Estado de Quintana Roo lo declaró formalmente como el onceavo municipio de esa entidad, tras fraccionar el municipio de Benito Juárez. Sin embargo, el decreto de creación entró en vigor a partir del 6 de enero de 2016.
Actualmente, Puerto Morelos cuenta con una superficie de 1043.92 km² y comprende las localidades de Puerto Morelos, como cabecera municipal, Leona Vicario y Central Vallarta en las cuales de acuerdo al Consejo Estatal de Población, en 2015 habitaban 37,099 personas.
Su actividad principal y que genera más recursos es el turismo, al ser un sitio que posee recursos naturales extraordinarios, se convierte en parte esencial en el desarrollo económico del país.
Cabe mencionar que, en 2017, participó en el programa Agenda para el Desarrollo Municipal del Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal obteniendo el reconocimiento "Inicio de la Transformación".