Los primeros asentamientos humanos registrados en Comitán datan del siglo XI, estas tierras originalmente llamadas "Balún Canán" que en Maya significa "Lugar de los Nueve Guardianes o Nueve Luceros".
En 1486, Balún Canán fue sometida por los guerreros mexicas, cambiándole el nombre original por el de "Comitlán", que se deriva del náhuatl Komitl-tlan y significa "Lugar alejado de las Fiebres", aunque en el códice de los tributos fue identificado por una olla, dándole también el significado de "Lugar de Alfareros". Posteriormente el nombre fue castellanizado como Comitán.
En enero de 1528, este poblado fue conquistado por Pedro de Portocarrero, enviado por el conquistador de Guatemala, capitán Pedro de Alvarado.
En 1820, por decisión de las Cortes Españolas, el territorio chiapaneco se convirtió en la Provincia de Ciudad Real de Chiapas.
Fue hasta el 28 de agosto de 1821, cuando en Santa María de Comitán desde el Templo de San Sebastián, el Fray Matías de Córdova hace el llamado de todas las provincias a la libertad y se firmó el acta de Independencia y daba inicio a la incorporación de Chiapas al Imperio Mexicano.
Dos años más tarde se formó el primer Congreso de Chiapas y dos más estuvo como Estado Independiente, antes de incorporarse definitivamente a la República Mexicana, en 1824, por decisión soberana de su gente, por lo anterior, a Comitán se le nombra cuna de la Independencia de Chiapas.