Durante la Revolución Mexicana, la red ferroviaria se deterioró, por lo que se necesitó de grandes inversiones para su reconstrucción, mismas que vendrían de capital extranjero.

En 1908, con el fin de agrupar y consolidar varias líneas de ferrocarriles y fomentar la inversión en ese sector, se creó la empresa Ferrocarriles Nacionales de México, S. A., empresa que fusionó diferentes capitales, en su mayoría extranjeros: Ferrocarril Internacional, Interoceánico, Panamericano y el de Veracruz, con poco más del 50% de capital en poder del Gobierno Federal.

Con los años, la empresa se enfrentó a la competencia de autobuses y aeroplanos, y a la intervención del Estado para evitar que se aumentaran las tarifas; lo que sumado a las presiones por un aumento salarial, la pusieron en estado de quiebra.

Su situación puso en riesgo a la economía del país, pero existía la imposibilidad del gobierno para exigirle su colaboración en la política económica mediante tarifas adecuadas, además de que éste estaba impedido para participar en la reorganización del sistema ferroviario.

Por tanto, el 23 de junio de 1937, el Presidente de México, Lázaro Cárdenas, en Palacio Nacional, con fundamento en la Ley de Expropiación de 1936, decretó la nacionalización de los Ferrocarriles Nacionales de México.

La nacionalización de los ferrocarriles dejó pendiente el pago de la deuda con sus intereses acumulados y el Estado pudo trabajar en el desarrollo del sistema ferroviario de acuerdo a las necesidades económicas del país.

El 30 junio de 1937 el presidente Cárdenas decretó, mediante la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado, la creación del Departamento de Ferrocarriles Nacionales de México, y casi un año más tarde, el 1 de mayo de 1938, se entregó la empresa a los trabajadores para que la administraran.

De acuerdo con el Secretaría de Comunicaciones y Transportes, en los últimos tres años, la industria ferroviaria ha crecido 50%. En el año 2014, el sistema ferroviario estaba constituido por 26,727 km de vías, de las cuales 20,722 km forman parte de las troncales y ramales, en su mayoría concesionada, 4,450 km son vías secundarias y 1,555 km son particulares.

La red ferroviaria se ha convertido en un sistema de concesiones que ha demostrado su productividad, eficiencia y competitividad, gracias al trabajo coordinado del gobierno federal y las empresas concesionarias.  Actualmente, se tienen 20 las concesiones de carga y pasajeros otorgadas, de las cuales 10 fueron otorgadas a empresa privadas, nueve a gobiernos de los estados y una a Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec.