La certificación de competencias laborales ha permitido reconocer las capacidades del personal del sector agua, adquiridas a través de su desarrollo laboral, y busca incrementar la productividad de las instituciones mediante el uso de las mejores prácticas laborales, en beneficio de los usuarios. 

La Subcoordinación de Certificación de Personal, instancia que coordina los trabajos de la ECE-IMTA, organizó los siguientes cursos-taller: Impartición de cursos de formación del capital humano de manera presencial grupal (dos), Evaluación de la competencia de candidatos con base en estándares de competencia (dos) y Diseño de cursos de formación del capital humano de manera presencial grupal, sus instrumentos de evaluación y manuales del curso (uno) para apoyar el desarrollo y mejora de competencias del personal del IMTA. También, con el fin de incrementar la capacidad institucional para evaluar y certificar competencias laborales en el sector hídrico, se realizaron 134 procesos de evaluación a tecnólogos del Instituto, con el propósito de acreditarlos como evaluadores en diversos temas. 

Actualmente, la ECE-IMTA cuenta con la acreditación de: 17 estándares, un centro de evaluación en Baja California y 30 evaluadores, lo que brinda capacidad para atender las solicitudes de diversas instituciones con objeto de capacitar, evaluar y certificar las competencias de su personal. Hasta fines de 2016, se ha capacitado a 2 500 personas, se han realizado 3 000 procesos de evaluación y se certificó a 2 815 personas.

Mediante la operación de la ECE-IMTA y la formación de recursos humanos, el IMTA contribuye a la gestión sustentable del agua