El departamento de Neurocirugía del Hospital de Pediatría del Centro Médico Nacional Siglo XXI, fue fundado el 15 de marzo de 1963, siendo este el primer servicio estructurado para la atención neuroquirúrgica del paciente pediátrico, dentro del Instituto Mexicano del Seguro Social.
Hacia 1985, el servicio sufre una dramática transformación, debido al terrible sismo que afectó a la Cd. de México, tiempo durante el cual debió ser trasladado temporalmente a otra unidad hospitalaria, reabriendo sus puertas en el nuevo Hospital de Pediatría en abril de 1992, dedicándose principalmente al tratamiento de malformaciones congénitas, hidrocefalia y cirugía cráneofacial.
En 1997, en se iniciaron los procedimientos de cirugía de columna, utilizando sistemas de instrumentación para estabilización de la misma, en el paciente pediátrico.
Durante más de cinco décadas, el departamento de Neurocirugía Pediátrica ha incrementado el número de pacientes atendidos a través de un grupo multidisciplinario.
Efectuándose anualmente más de 470 procedimientos para el tratamiento de malformaciones congénitas e hidrocefalia, así como para el tratamiento quirúrgico de la epilepsia de refractaria y cirugía cráneofacial.
También se han realizado modificaciones a las técnicas quirúrgicas para la resección de tumores cerebrales y médula espinal, revascularización indirecta en enfermedad isquémica cerebral (Moyamoya).