Los Planes de Manejo tienen por objeto dar a conocer el conjunto de acciones encaminadas al desarrollo de la actividad pesquera de forma equilibrada, integral y sustentable; basadas en el conocimiento actualizado de los aspectos biológicos, ecológicos, pesqueros, ambientales, económicos, culturales y sociales.
La Ley General de Pesca y Acuacultura Sustentables confiere a la Secretaría de Agricultura, por conducto del Instituto Nacional de Pesca y Acuacultura (Inapesca), la facultad para la elaboración y actualización de los Planes de Manejo Pesquero.
- Tiburones y Rayas del Golfo de México y Mar Caribe mexicano.
- Pulpo en la Costa Oriental de Baja California
- Almeja Chocolata en el municipio de Loreto, Baja California Sur
- Robalo Garabato, Pargo colorado y Curvinas en marismas nacionales, Nayarit y Sinaloa
- Atún Aleta Azul en el Pacifico Oriental
- Presa Ignacio Allende, municipio de San Miguel de Allende Gto.
- Plan de Manejo Pesquero de la Presa Cebolletas
- Verdillo (Paralabrax nebulifer Girard 1854) en la Península de Baja California
- Sistema Lagunar Altata-Ensenada del Pabellón, Sinaloa
- Atún aleta amarilla en el Golfo de México
- Atún Aleta Amarilla del Océano Pacífico Mexicano
- Calamar Gigante
- Camarón siete barbas Campeche y Tabasco
- Camarón café y camarón blanco de Tamaulipas y Veracruz
- Camarón rojo y camarón de roca de los Caladeros de Contoy, Quintana Roo
- Camaron rosado en la Sonda de Campeche
- Caracol del litoral del Estado de Campeche
- Curvina Golfina del Golfo de California
- Erizo de mar
- Jaiba de Sinaloa y Sonora
- Langosta espinosa de Yucatán
- Lisa y Lebrancha en Tamaulipas y Veracruz
- Mero y especies asociadas en la Península de Yucatán
- Pelágicos menores del Noroeste de México
- Pepino de mar en la Península de Yucatán
- Pulpo del Golfo de México y Mar Caribe
- Robalo del Golfo de México y Mar Caribe