Una de las primeras acciones de la administración pública del México independiente fue la creación, el 4 de octubre de 1821, de cuatro Ministerios de Estado, entre los que se encontraba el de Guerra y Marina, al cual se le asignaron los asuntos de guerra en mar y tierra. Su primer Ministro fue José Antonio de Medina Miranda y su primer barco fue la goleta “Iguala”, adquirida en Estados Unidos y que arribó a territorio mexicano en abril de 1822.
La Secretaría de Marina-Armada de México, ha acompañado la defensa de la soberanía de México desde su nacimiento como nación independiente. Fue el Capitán de Fragata Pedro Sainz de Baranda quien acabó con el apoyo que los españoles enviaban a los pocos realistas que todavía se encontraban aposentados en el Fuerte de San Juan de Ulúa en Veracruz. Este día de la derrota definitiva de los españoles, fue el 23 de noviembre de 1825, y entonces quedó por primera vez todo el territorio nacional en poder de las autoridades mexicanas.