El Órgano Interno de Control en la CONASAMI tiene autonomía técnica y de gestión, con dependencia jerárquica y funcional de la Secretaría de la Función Pública. Se encarga de ejecutar el sistema de control interno y forma parte del Sistema Nacional de Fiscalización. Controla y revisa que los procesos y procedimientos que realizan los servidores públicos en la CONASAMI estén apegados a los principios rectores del servicio público: legalidad, honradez, lealtad, imparcialidad y eficiencia; en caso de no ser así, es la autoridad facultada para investigar, substanciar, calificar las faltas administrativas y resolver las faltas no graves o, en su caso, turnar las graves al Tribunal Federal de Justicia Administrativa, derivadas de los hallazgos obtenidos de auditorías, revisiones, visitas de inspección practicadas por cuenta propia o por otras autoridades competentes o de las quejas o denuncias presentadas por la ciudadanía por la comisión de presuntas irregularidades administrativas cometidas por los servidores públicos.
Misión
Fiscalizar, con autonomía e independencia, y mejorar la gestión Institucional de la Comisión Nacional de los Salarios Mínimos, con un enfoque preventivo, correctivo y con apego a la legalidad, para generar la confianza y credibilidad de la ciudadanía y contribuir al combate a la corrupción.
Visión
Ser modelo de éxito en la implementación de estrategias y procesos innovadores para impulsar la prevención de actos de corrupción, la eficiencia, la modernización y la rendición de cuentas; así como, ser una instancia eficaz y comprometida a sancionar la corrupción y evitar la impunidad en la Administración Pública Federal.