Durante 2016, se identificó la necesidad de constituir subgrupos de trabajo, de acuerdo a los componentes de la ENAPEA, esto para dar seguimiento específico a las acciones que se implementen en cada uno y realizar un análisis más profundo de las actividades propuestas. Esto a partir del establecimiento de niveles de coordinación y responsabilidad para cada actividad, además de propiciar la posible incorporación de nuevas actividades resultado de la socialización al interior de las dependencias y entre las mismas, así como de la incorporación de nuevos actores desde un enfoque integral para avanzar en la articulación de esfuerzos, acciones y programas que contribuyan a la ENAPEA.
1. Grupo de Trabajo de Indicadores para el monitoreo y seguimiento de la ENAPEA (GTIMS-ENAPEA)
2. Subgrupo de Trabajo para Disminuir a cero los Embarazos y Nacimientos en Niñas y Adolescentes Menores de 15 años
3. Grupo Estatal para la Prevención del Embarazo en Adolescentes (GEPEA)
4. Grupo de Trabajo sobre Educación Integral en Sexualidad y Capacitación
5. Grupo de Trabajo de Comunicación y Gestión del Conocimiento