La Dirección Regional Península de Yucatán y Caribe Mexicano está conformada por 26 Áreas Naturales Protegidas reconocidas a nivel mundial por su alto valor ambiental.
Reservas de la Biosfera
Reserva de la Biosfera Arrecifes de Sian Ka'an
Reserva de la Biosfera Banco Chinchorro
Reserva de la Biosfera Calakmul
Reserva de la Biosfera Caribe Mexicano
Reserva de la Biosfera Los Petenes
Reserva de la Biosfera Ría Celestún
Reserva de la Biosfera Ría Lagartos
Reserva de la Biosfera Sian Ka'an
Reserva de la Biosfera Tiburón Ballena
Parques Nacionales
Parque Nacional Tulum
Parque Nacional Arrecife Alacranes
Parque Nacional Arrecifes de Cozumel
Parque Nacional Arrecifes de Xcalak
Parque Nacional Dzibilchantún
Parque Nacional Isla Contoy
Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos
Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc
Áreas de Protección de Flora y Fauna
Área de Protección de Flora y Fauna Yum Balam
Área de Protección de Flora Uaymil
Área de Protección de Flora y Fauna Manglares de Nichupté
Área de Protección de Flora y Fauna Otoch Maax Yetel Kooh
Área de Protección de Flora y Fauna Balaan Kaax
Área de Protección de Flora y Fauna Isla de Cozumel
Área de Protección de Flora y Fauna Jaguar
Santuarios
Santuario Playa de Isla Contoy
Santuario Playa Ría Lagartos