La Dirección Regional Frontera Sur, Istmo y Pacífico Sur está conformada por 26 Áreas Naturales Protegidas reconocidas a nivel mundial por su alto valor ambiental.
Reservas de la Biosfera
Reserva de la Biosfera El Triunfo
Reserva de la Biosfera Lacan-Tun
Reserva de la Biosfera Montes Azules
Reserva de la Biosfera Selva El Ocote
Reserva de la Biosfera Volcán Tacaná
Reserva de la Biosfera La Sepultura
Reserva de la Biosfera La Encrucijada
Reserva de la Biosfera La Sepultura
Parques Nacionales
Parque Nacional Benito Juárez
Parque Nacional Cañón del Sumidero
Parque Nacional Lagunas de Chacahua
Parque Nacional Lagunas de Montebello
Parque Nacional Palenque
Parque Nacional Huatulco
Áreas de Protección de Flora y Fauna
Área de Protección de Flora y Fauna Cascadas de Agua Azul
Área de Protección de Flora y Fauna Boquerón de Tonalá
Área de Protección de Flora y Fauna Chan-Kin
Área de Protección de Flora y Fauna Metzabok
Área de Protección de Flora y Fauna Nahá
Monumentos Naturales
Monumento Natural Bonampak
Monumento Natural Yagul
Monumento Natural Yaxchilán
Santuarios
Santuario Playa de Escobilla
Santuario Playa de la Bahía de Chacahua
Santuario Playa de Puerto Arista
Santuario Playa de Tierra Colorada
Área de Protección de Recursos Naturales
Área de Protección de Recursos Naturales Zona de Protección Forestal en los terrenos que se encuentran en los municipios de La Concordia, Ángel Albino Corzo, Villa Flores y Jiquipilas, Chiapas