Entre las atribuciones que la CNDH tiene para proteger y defender los derechos humanos. En el artículo sexto, fracción III, de la Ley de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, se le faculta para formular recomendaciones públicas no vinculatorias ante las autoridades respectivas, en los términos establecidos por el artículo 102, apartado B, de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos.
Bajo este contexto, la Comisión Nacional de Derechos Humanos ha emitido recomendaciones a la Comisión Nacional del Agua tras acreditar casos en los que la calidad del agua podría tener un impacto sobre el ambiente.
La Conagua, a través de Gerencia de Calidad del Agua, da atención a las recomendaciones formuladas en materia de calidad del agua, a través del monitoreo y análisis de parámetros fisicoquímicos y microbiológicos a través de la Red Nacional de Medición de la Calidad del Agua en cuerpos de agua afectados.