- Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT)
- Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural (SADER)
- Secretaría de Bienestar
- Secretaría de Economía (SE)
- Secretaría de Educación Pública (SEP)
- Secretaría de Energía (SENER)
- Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP)
- Secretaría de Relaciones Exteriores (SRE)
- Secretaría de Salud
- Secretaría de Turismo (SECTUR)
La CONABIO cuenta con un Coordinador Nacional, el Dr. José Sarukhán Kermez, quien es apoyado por un grupo operativo (ver Organigrama) integrado por más de 200 personas (funcionarios, analistas y personal administrativo). El titular de la SEMARNAT funge como el Secretario Técnico de la CONABIO.