- Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat)
- Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (Sagarpa)
- Desarrollo Social (Sedesol)
- Economía (SE)
- Educación Pública
- Energía (Sener)
- Hacienda y Crédito Público (SHCP)
- Relaciones Exteriores (SRE)
- Salud (SSA)
- Turismo (Sectur)
La CONABIO cuenta con un Coordinador Nacional, Dr. José Sarukhán Kermez, quien es apoyado por un grupo operativo (ver Organigrama) integrado por más de 200 personas (funcionarios, analistas y personal administrativo). El titular de la SEMARNAT funge como el Secretario Técnico de la CONABIO.