Las enfermedades originadas por la ingestión de alimentos contaminados con microorganismos o sustancias tóxicas, denominadas genéricamente como Enfermedades Transmitidas por Alimentos (ETA), son actualmente unos de los riesgos sanitarios más frecuentes que enfrenta la población.

Estos padecimientos pueden ser agudos o crónicos y de corta o larga duración. Los riesgos asociados a virus, bacterias y parásitos patógenos están considerados generalmente como ETA de tipo agudo, entre las que se encuentran también los provocados por la ingestión de toxinas formadas por ciertos tipos de algas marinas. La exposición crónica  se asocia principalmente a sustancias químicas de origen natural, como las micotoxinas en el maíz, o a los contaminantes antropogénicos como el plomo, aditivos o residuos de plaguicidas que pueden dañar a mediano o lago plazo al consumidor.

El grado de exposición de una población a los efectos adversos por el consumo de alimentos depende de la frecuencia con la que éstos se encuentren contaminados, y la magnitud del daño dependerá del grado de patogenicidad/toxicidad de los microorganismos o sustancias involucradas y de la susceptibilidad de las personas. Otro factor de importancia son los patrones de consumo de la población, los cuales están relacionados con preferencias del consumidor, aspectos socioeconómicos, regionales y culturales, características étnicas, estacionalidad, diferencias de edad y de comportamiento.

Por lo tanto, los riesgos a los que está expuesta la población debido al consumo de alimentos, pueden deberse a varios factores como:

Productos de mala calidad sanitaria por contaminación microbiológica y toxicológica agregada en la cadena de valor (desde la cosecha, captura y crianza hasta el expendio final del producto).

Deficiencia de nutrimentos, lo que puede ocasionar enfermedades por carencia de micronutrientes.

Hábitos alimenticios inadecuados (por ejemplo, consumo de alimentos de origen animal crudos o inadecuadamente cocidos).

Productos que cuenten con información insuficiente sobre la presencia de sustancias con potencial alérgico, los cuales pueden provocar una reacción anafiláctica en personas susceptibles

Para reducir los citados riesgos y con ello la presentación de ETA, la COFEPRIS ha establecido el Programa Institucional de Alimentos, a través del cual se establecen estrategias y acciones encaminadas a promover y verificar la calidad sanitaria de estos productos.

El Programa incluye los siguientes proyectos a cargo de la Comisión de Operación Sanitaria, considerando características particulares de los productos sujetos a control: