La vigilancia sanitaria es desarrollada por la Comisión de Operación Sanitaria y corresponde a una de las actividades sustantivas de la COFEPRIS; se refiere al conjunto de acciones para llevar a cabo la constatación física o inspección de productos, procesos o servicios a lo largo de la cadena de producción y comercialización, y su comparación contra los requisitos establecidos en la normatividad correspondiente para evaluar su cumplimiento.

De acuerdo a las atribuciones de COFEPRIS, corresponde llevar a cabo la vigilancia sanitaria de los siguientes productos, procesos y servicios, para lo cual, se cuenta con diversos mecanismos a lo largo de la cadena de producción para llevar a cabo dicha vigilancia, así como con la participación de las Entidades Federativas.​

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Figura 1. Vigilancia sanitaria de productos, procesos y servicios competencia de la Comisión Federal.

 

En general el proceso de vigilancia sanitaria contempla la realización de visitas de verificación a través de dos vías: 

 

I. Asociado a algún tipo de trámite, como la emisión de algún certificado de Buenas Prácticas de Fabricación. 

II. Por vigilancia regular, aquella programada por la propia autoridad sanitaria, derivada de la información obtenida a través de denuncias; y aleatoriamente sobre el universo a vigilar.​​ 

A continuación, se muestra el proceso de operación sanitaria.​

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Figura 2. Proceso de vigilancia sanitaria realizada por la Comisión de Operación Sanitaria.​