La COFEPRIS es la autoridad competente para el ejercicio de las atribuciones que le corresponden a la Secretaría de Salud en materia de regulación, control y fomento sanitario de productos y servicios, de su importación y exportación, así como de los establecimientos dedicados al proceso de los mismos. Para cumplir con esta encomienda, la Comisión realiza acciones de  control y vigilancia sanitaria de alimentos y bebidas, suplementos alimenticios, materias primas y aditivos que intervengan en su elaboración, su importación y exportación, así como de los establecimientos destinados al proceso de dichos productos.

Las acciones de control sanitario de alimentos para consumo nacional, se realizan en coordinación con las Autoridades Sanitarias Estatales bajo un enfoque de riesgos en el marco del Programa de Alimentos​. 

En apoyo a las exportaciones, la Secretaría de Salud tiene competencia para certificar los procesos o productos a que se refiere el artículo 194, fracción I de la Ley General de Salud (LGS), o los establecimientos en los que se lleven a cabo dichos procesos, siempre y cuando éstos cumplan con las disposiciones aplicables (art. 287, LGS). También pueden certificarse procesos, productos o establecimientos para propósitos distintos de la exportación, como es lo destinado al consumo doméstico o nacional.  Lo anterior sin perjuicio de las atribuciones de la Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA), a través del Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria (SENASICA),  en materia de control de la inocuidad durante la producción primaria.

A continuación, se presentan algunos documentos relevantes sobre la certificación de alimentos: