En este entorno se enfrentan diversos dilemas en las intervenciones preventivas. Uno de ellos es la ausencia de conocimiento en la historia natural de la infección por virus de papiloma humano en canal anal, por lo que se han establecido, desde la perspectiva clínica, criterios para realizar un tamizaje selectivo de ADN de VPH o citología de canal anal. Esto se debe a que la infección persistente por VPH es un posible intermediario para el desarrollo de cáncer anal y el tamizaje poblacional de cáncer anal en sujetos VIH negativos no se justifica.
También es necesario reconocer que la citología de canal anal tiene una muy baja sensibilidad, lo cual se debe a que las lesiones producidas por infecciones persistentes de VPH en canal anal son lesiones extensas y multifocales, por lo que existe una elevada frecuencia de complicaciones médicas en presencia de tratamientos inadecuados y lesiones de elevada recurrencia.