El 26 de mayo del 2000, al ser modificado el Título Décimo Cuarto de la Ley General de Salud, el Centro Nacional de Trasplantes inicia sus operaciones como órgano desconcentrado de la Secretaría de Salud, cuyo principal objetivo es el favorecer el eficiente desempeño de los integrantes del Subsistema Nacional de Donación y Trasplantes.

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