El Centro Nacional de Trasplantes es responsable del desarrollo y la rectoría del Subsistema Nacional de Trasplantes en el país. Su principal actividad es definir y establecer un modelo de donación y trasplantes apropiado para las necesidades del sistema de salud que está integrado por diferentes instituciones públicas, sociales y privadas:

• Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS)
• Instituto de Seguridad y Servicios Sociales para los Trabajadores del Estado (ISSSTE)
• Servicios de salud de Petróleos Mexicanos
• Servicios de salud de la Secretaría de la Defensa Nacional
• Servicios de salud de la Secretaría de Marina
• Hospitales privados
• Secretaría de Salud del Gobierno del Distrito Federal
• Secretarías de salud estatales y federal

Las diferencias organizativas de cada institución tienen que ser traspasadas y unificadas por el Subsistema Nacional de Trasplantes (SNT) mediante la organización y la participación de cada una.

El SNT es una estructura virtual conformada por todos los hospitales que tienen una licencia sanitaria para realizar donación, trasplante o como banco de tejidos. Estos hospitales y bancos están normados por el Título XIV de la Ley General de Salud, su Reglamento en la materia y los Lineamientos para la asignación y distribución de órganos y tejidos, independientemente de la institución a la que pertenezcan.