Sirven, también, para el control de inundaciones, ya que impiden que el agua de las montañas baje hasta las comunidades que se sitúan en terrenos planos y cercanas a ríos.
Durante la temporada de ciclones tropicales, de mayo a noviembre, las lluvias aumentan en varias regiones del país, incrementando la cantidad de agua que fluye y se almacena en ese tipo de infraestructura. Debido a esto, instituciones públicas y privadas se encargan de construirlas, operarlas, cuidarlas, monitorearlas y analizarlas las 24 horas, con la finalidad de obtener su óptimo rendimiento sin ponerlas en peligro y, por consiguiente, a la población.
Por ello, las presas cuentan con reglas que se encuentran en la política de operación, que se define específicamente para cada presa, principalmente, en función de los volúmenes de agua que se pueden almacenar y suministrar. Dicha política indica las condiciones que se deben cumplir para que durante la temporada de lluvias las presas retengan o liberen agua hacia las zonas bajas sin causar daños en poblados o zonas de cultivo.