La roya del café fue detectada por primera vez en México en  la región del Soconusco, Chiapas, en 1981; no se conoce cómo entró este hongo al territorio mexicano, pero sí se sabe que esta puede ser dispersada a través de la lluvia, viento, insectos, animales y personas de un cultivo a otro.

Los primeros síntomas del hongo se manifiestan al inicio de la temporada de lluvias con la aparición de pequeñas manchas redondas de color amarillo pálido en el envés de las hojas, estas crecen y cambian de amarillo a naranja hasta cubrir la hoja por completo, finalmente esta se cae. La pérdida de hojas hace que el árbol no pueda realizar correctamente la fotosíntesis y que, como consecuencia, este muera.

El combate de esta enfermedad se hace principalmente con la sustitución de plantas con variedades genéticas más resistentes porque es el método más económico, amigable con el ambiente y más fácil de usar por parte los productores del aromático.

En México se recomienda el uso de variedades con base en tres criterios:

  1. Resistentes a la mayor cantidad de razas de la roya para dar mayor sustentabilidad al sector.

  2. De alta productividad y adaptadas a las regiones cafetaleras, con rendimientos de hasta 40 Quintales por hectárea cuando el promedio nacional es de 5 Qq.

  3. De alta calidad de la bebida; con tazas de al menos 80 puntos según la Specialty Coffee Association of America (SCA).

Gracias al trabajo en conjunto del PIAC, AMECAFÉ, SENASICA, INIFAP, SNICS y otras instituciones, se ha podido incrementar la producción del grano en los últimos años, así tenemos que en el ciclo 2015-2016 la producción fue de 2.3 millones de sacos, y para el ciclo 2017-2018 creció a 4 millones de saco. La estimación que se espera para el ciclo 2018-2019 es mínimo de 4.2 millones de sacos.