La característica distintiva de este producto es que los cafetos se fertilizan con materiales orgánicos preparados mediante compostas y no se aplican insumos químicos.
Si bien la calidad del café orgánico no es necesariamente mejor que la de los cafés convencionales, este mercado demanda cada vez más una calidad superior, y por ello a menudo se los sitúan en el segmento de los cafés especiales.
La siembra y cultivo de café orgánico, tiene enormes beneficios tanto para la preservación del medio ambiente, como para la conservación de la salud. Sin embargo, las propiedades del café orgánico no difieren de los beneficios para la salud del café convencional.
Otro aspecto, igual de importante que la práctica de cultivo sustentable, es que los cafés orgánicos son a la vez cafés comercializados con prácticas de comercio justo, es decir, se apoya a familias que invierten mucho trabajo en la producción agrícola.
En la mayoría de los casos, el cultivo de café orgánico lo realizan pequeños y medianos productores que se encuentran principalmente en Chiapas y Oaxaca.