La finalidad de la acuaponía es producir alimentos más frescos, inocuos y nutritivos de manera controlada, así como obtener dos productos mediante una única fuente de nitrógeno (alimentos y heces de peces).

Entre sus ventajas tenemos: se reutiliza el agua, lo que resulta muy útil en zonas donde la disponibilidad de esta es escasa. La fertilización es orgánica ya que se realiza con la emulsión natural de los peces. Impacto ambiental bajo, pues se reducen las tierras de cultivo necesarias para la producción de cultivos.

El INAPESCA realiza investigaciones en torno al establecimiento de este sistema, como el caso del Centro de reproducción e Innovación Acuícola ubicado en Pucuato, Michoacán, en donde se implementa e impulsa líneas de investigación para el aprovechamiento de distintas especies de plantas y peces de importancia comercial lo que genera un incremento a la economía regional al mismo tiempo que se cuida el medio ambiente.

Este proyecto colabora con la sustentabilidad pesquera en beneficio de tres sectores:

Económico: Los productos generados (peces, vegetales, frutas, hierbas, plantas) se comercializa, obteniendo ganancias de los dos productos lo que aumenta el ingreso de los productores.

Ambiental: Los sustratos utilizados reducen enfermedades relacionadas al suelo, los desechos orgánicos de los peces son aprovechados por las plantas, y se optimiza el uso del agua ya que se ocupan sistemas de recirculación donde solo se repone el agua perdida por evaporación.

Social: Esta tecnología estará disponible para su aplicación a baja, mediana y gran escala de acuerdo a las necesidades del sector.

El sistema acuapónico presenta numerosas ventajas económicas, sociales y ambientales y se muestra como una alternativa capaz de contribuir a la seguridad alimentaria.