El 29 de septiembre de 1900 numerosas personalidades de la élite porfirista celebraron en los llanos de San Lázaro –ubicados en la periferia de la capital– la apertura de la Penitenciaría de México, uno de los edificios más importantes de la época.
Esta penitenciaría modelo representaba un instrumento de poder, un espacio disciplinario integral, un avanzado producto criminológico, un potente aparato de castigo cuyo objetivo era fundar un orden nacional duradero sobre bases científicas, que utilizaba el castigo útil como una herramienta artefacto para fomentar en los presos conductas aprovechables y formar individuos virtuosos.
El estímulo para crear la obra comenzó cuando se estableció una comisión que elaboró el plan criminológico y arquitectónico para el establecimiento de la nueva prisión en 1881. Miguel Macedo (distinguido criminólogo), elaboró el proyecto original, inspeccionó los trabajos de construcción y fue el primer director del penal.
Ya constituida la comisión, su primer tarea fue establecer el sistema penitenciario. En esa época el Código Penal favoreció al sistema “Filadelfia”, que dejaba a los condenados incomunicados con el exterior y limitaba su contacto con personas capaces de moralizarlos, como sacerdotes y custodios; durante varios años se intentó sustituir a este sistema por el “Auburn”, el más utilizado en el mundo en la primera mitad del siglo XIX, que establecía el imperio de la ley del silencio, a través de incomunicar a los presos durante la noche, permitiéndoles relacionarse durante el día pero sólo cuando trabajaban.
Fue el 30 de diciembre de 1882 cuando la comisión estableció el sistema “Croffton”, que dividía la sentencia en cuatro periodos graduales: desde el aislamiento en un presidio, hasta la libertad preparatoria. Este sistema rompía los antiguos esquemas que ponían al preso en una situación rutinaria, invariable y monótona, siendo su característica principal que el prisionero podía aspirar, con base en su buena conducta, a obtener un mejor ambiente así como contribuir a su enmienda. Definido el modelo a seguir, se implementó un programa orientado a corregir la moral, que abarcaba todas las fases del presidiario que la justicia había declarado como delincuente: desde la celda que ocuparía y la alimentación que recibiría, hasta su comunicación con el mundo exterior.
Seleccionado el sistema “Croffton”, se necesitaba un proyecto arquitectónico para el edificio. Esta tarea le fue asignada al arquitecto Antonio Torres Torija. Para su construcción, se eligió el terreno ubicado al noreste de la ciudad, conocido como Cuchilla de San Lázaro, el cual fue adquirido por el gobierno del Distrito Federal. Con el nombramiento del ingeniero Miguel Quintana como director de la obra, iniciaron los trabajos de cimentación del terreno el 9 de mayo de 1885.
En 1892, tras la muerte de Quintana, tomó la dirección Antonio M. Anza, quien terminó los trabajos del primer piso y comenzó la edificación del segundo con celdas de acero. Estas obras fueron terminadas en los primeros meses de 1896.
De igual manera, en esas fechas se inició la construcción de la torre central, donde se instalaría el sistema de distribución de agua a partir de dos enormes tanques con capacidad de 180 m3 y se instaló la planta de luz eléctrica.
Al finalizar 1896, se entregó el segundo piso de los edificios del tercer periodo, localizado en las inmediaciones de la fachada, los departamentos para talleres y las áreas destinadas para la enfermería.
A principios de 1897, las construcciones estuvieron dirigidas por José Serrano; se concluyeron el servicio telefónico con cinco líneas, un tubo acústico para poner en comunicación los puestos de los dos vigilantes de la torre y el reloj especial de carátula movible y mudable de la fachada. Además, se inició la construcción del drenaje que llevaría los desechos de la Penitenciaría de México hacia el recién concluido Gran Canal de Desagüe del Valle de México, sin embargo, hubo complicaciones para conectar el conducto con el canal, lo que ocasionó que se retrasara la inauguración de la obra por más de dos años aunque, a finales de 1897, las obras ya estaban prácticamente concluidas.
En el periodo que se trabajaba en el sistema de drenaje, se compraron los utensilios de cocina, el botiquín y enseres de la enfermería; se instaló un área de lavado de ropa; una moderna máquina para hacer pan y demás muebles para su funcionamiento. Los costos totales del establecimiento de la Penitenciaria fueron de $2,396,914.84.
En el plano legislativo, el 5 de septiembre de 1896 se realizó un decreto de reformas del Código Penal para adoptar el sistema Croffton como sistema penitenciario. El 13 de diciembre de 1897 se expidió el reglamento que dio a los establecimientos penales del D.F. la organización adecuada conforme con el sistema Croffton, quedando allanados los obstáculos que se oponían a su funcionamiento.
Finalmente el 29 de septiembre de 1900 se inauguró un espacio escrupulosamente diseñado, calculado y ordenado, donde cada volumen y cada distancia obedecen a una finalidad específica, inscrita en un programa de utilización política de la penalidad.
El espacio, que fue diseñado para albergar a 700 hombres y 80 mujeres, fue transformándose con el tiempo hasta convertirse en el llamado Palacio Negro, que llegó a contener a más de 6,000 personas. La sobrepoblación y la corrupción obligaron a su cierre en el año de 1976.
Al año siguiente, 1977, se determinó que fuera convertido en la sede del Archivo General de la Nación, transformando su vocación de resguardo pero ahora de la memoria de México.