El pueblo mexicano manifestó su rechazo y resistencia, lanzando piedras hacia los invasores, desde las azoteas. Por su parte, el gobierno mexicano se había trasladado a la ciudad de Querétaro, con el objetivo de dar solución a las calamidades de la guerra.

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La conflictiva situación interna de México, la falta absoluta de recursos, la disolución del ejército después de la caída de la Ciudad de México y el faccionalismo exacerbado de los grupos políticos, hacían imposible continuar con la guerra a pesar de la resistencia de los mexicanos.

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Sin embargo, al igual que en los años anteriores, el gobierno se terminó dividiendo en dos facciones: una inclinada a buscar un acuerdo de paz, para evitar mayores daños; mientras que la otra se mostraba a favor de continuar con la resistencia. Pese a las diferencias, ambos grupos trabajaron para el bienestar de la patria, aunque con métodos diferentes. 

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Para enero de 1848, el presidente interino Pedro María Anaya trasfirió el poder a Manuel de la Peña y Peña, quien fue designado Presidente por el Congreso. Consciente de que era imposible seguir la guerra —ante la falta de recursos y la desordenada situación del ejército—, comisionó a Bernardo Couto, Luis G. Cuevas y Miguel Atristain, para acordar la paz con Nicholas P. Trist representante de  los Estados Unidos de América.

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El 2 de febrero de 1848, reunidos en la Villa de Guadalupe Hidalgo, en la Ciudad de México, ambas partes llegaron a un acuerdo y firmaron el Tratado de Paz, Amistad, Límites y Arreglo Definitivo entre los Estados Unidos Mexicanos y los Estados Unidos de América, también conocido como Tratado de Guadalupe Hidalgo. El cual establecía la línea fronteriza entre ambos países, a partir del río Grande o río Bravo del Norte y con ello la pérdida de los territorios comprendidos en los nuevos límites, que serían pagados a la República mexicana por una suma de 15 millones de pesos.

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Uno de los objetivos logrados por los delegados plenipotenciarios de México fue conseguir el respeto a las garantías de los ciudadanos mexicanos en los territorios perdidos, pues una de las preocupaciones era la posible pérdida de su libertad, al ser permitida la esclavitud en los Estados Unidos de América.

El Archivo General de la Nación (AGN), en la Colección de Folletería, resguarda un ejemplar del Tratado y varios documentos relacionados con la intervención norteamericana en México, 1846-1848.

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