En 1846, en plena guerra con los Estados Unidos, fue designado Ministro de Relaciones Exteriores y Gobernación, dentro del nuevo ministerio que había surgido del Plan de la Ciudadela, encabezado por el general José Mariano Salas. Este gobierno que surgió de la convulsionada situación del país, tuvo como ideal el reorganizar y regresar la calma a la nación.
En su Memoria, presentada al Congreso, Lafragua señalaría que siendo electo ministro en un momento crítico de México, desempeñó su deber a toda hora del día, incluso “robando horas al descanso”, con el sólo fin de corresponder a la confianza que se le había depositado, conservar el orden y calmar los ánimos.
Durante aquel breve período como Ministro de Relaciones, creó el Reglamento del Archivo General y Público de la Nación, pues sólo de ese modo el Estado saldría del desorden absoluto en el que navegaba, aseverando que si se lograba la organización de dicha institución, los beneficios serían considerables para México.
En tan exquisito depósito encontraría el filósofo y el sabio los datos más abundantes y exactos para cumplir su misión de instruir a los hombres en lo que les conviene saber; el legislador tendría reunidos en un punto las leyes expedidas y sus efectos prácticos de todos los tiempos sobre cualquier ramo que se propusiera reformar; el poder ejecutivo tendría también una brújula segura para dirigir la nave del Estado; al judicial se proporcionaría un hilo constante para no extraviarse en el laberinto de la legislación… y aún el historiador encontraría una antorcha para penetrar en la oscuridad y confusión de los siglos más remotos.
José María Lafragua, Memoria de la primera Secretaría de Estado y del Despacho de Relaciones Interiores y Exteriores de los Estados Unidos Mexicanos, 1846.
Lafragua indica que, ante los constantes cambios de gobierno que se habían dado en el país, el Archivo General de la Nación había caído en el abandono. Para 1846 ésta no era la única vicisitud que padecía; pues esa falta de atención a su amplio acervo, lo dejó a merced del pillaje, además de la destrucción de importantes documentos de la historia de México.
Algunos de los principales funcionarios, lejos de cumplir con el deber de cooperar a la riqueza progresiva del depósito, conspiraron a su destrucción; ya enajenando escandalosamente por precios infinitos una parte muy considerable… ya permitiendo gratuitas y numerosas extracciones de documentos escogidos… acabó de sucumbir con los estragos que le ocasionó la revolución de 1840; pues entonces perdió una gran parte de los que había conservado, y el resto quedó sumergido en un desorden absoluto.
Ibídem.
El Reglamento del Archivo General y Público de la Nación, además de poner en orden y arreglo la documentación, reconocía la importancia de esta institución para la nación, y más aún, en un momento crucial en el cual la soberanía y la existencia de la Federación eran amenazados por un enemigo externo. Esta idea neurálgica fue uno de los motivos que llevó a José Mariano Salas, encargado del Supremo Poder Ejecutivo, a poner en ejecución, a la menor brevedad, el estatuto, a pesar de la intrincada situación del país.
Aquel Reglamento se componía de diez capítulos:
- De lo que debe contener el Archivo y de su local: referente a la obligación de concentrar en esta institución documentos de los estados, de los ministerios de Justicia, Hacienda, Guerra y Marina; y Relaciones Exteriores.
- Planta de la oficina: sobre la estructura laboral de la institución.
- Sistema de coordinación: relativo a la división del acervo y los fondos documentales.
- Sistema de clases: sobre la organización y descripción de los documentos, así como la creación de un índice.
- Operaciones preliminares: plan de acción para organizar a la brevedad la documentación.
- Disposiciones generales: referente a las acciones y procedimientos para mantener en condiciones óptimas los documentos del Archivo.
- Servicio al público: procedimientos para la consulta de documentos.
- Fondo del Archivo: referente a los ingresos para el sustento de la institución.
- Director del Archivo.
- Funciones particulares de los empleados.
El jurista poblano, que además de haber ocupado diversos cargos públicos fue escritor y profesor de Derecho e Historia, murió el 15 de noviembre de 1875, dejando una impronta en el desarrollo de las instituciones estatales, como fue el caso del Archivo General de la Nación.