Fue posteriormente modificado por Decreto Presidencial en el Diario Oficial de la Federación del 13 de noviembre de 1998. En el mismo se destacaba que la Secretaría de Relaciones Exteriores tendría a su cargo las atribuciones y el despacho de los asuntos que expresamente le encomiendan la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, la Ley del Servicio Exterior Mexicano, la Ley sobre la Celebración de Tratados y otras leyes, así como los reglamentos, decretos, acuerdos y órdenes relativos que expida el Presidente de los Estados Unidos Mexicanos.
Correspondería a la Secretaría de Relaciones Exteriores ejecutar la política exterior de México, promover, propiciar y asegurar la coordinación de las acciones en el exterior de las dependencias y entidades de la Administración Pública Federal, de conformidad con las atribuciones que a cada una de ellas corresponda, dirigir el Servicio Exterior Mexicano e intervenir en toda clase de tratados, acuerdos y convenciones en los que el país sea parte.
Igualmente, se destacaba que la Secretaría de Relaciones Exteriores realizaría sus actividades en forma programada. Para tal efecto, en cada programa se precisaría la participación que correspondiese a las unidades administrativas de la Secretaría, sus órganos desconcentrados y las representaciones diplomáticas y consulares, tomando en cuenta los lineamientos del Plan Nacional de Desarrollo y las políticas, prioridades y modalidades que para el logro de objetivos y metas dicte el Titular del Ejecutivo Federal.
Para el estudio, planeación y despacho de los asuntos que le competen, la Secretaría de Relaciones Exteriores contaría con tres Subsecretarías, una Oficialía Mayor, una Unidad de Coordinación y Enlace, Consultoría Jurídica, 22 Direcciones Generales y 14 Órganos Desconcentrados, entre ellos el Instituo Mexicano de Cooperación Internacional y el Instituto Matías Romero, además contaría con una Unidad de Contraloría Interna que se regiría conforme al artículo 42 de ese Reglamento.
En ese Reglamento se puntualizaba que el Titular del Ramo tendría como facultades no delegables: Acordar las acciones necesarias para la aplicación del Programa Nacional de la Mujer en el ámbito de la política exterior y las correspondientes al cumplimiento de los compromisos internacionales de México en materia de género, en coordinación con la Secretaría de Gobernación y sus órganos desconcentrados correspondientes (Artículo 6º, Sección XX), mediante el cual la Cancillería Mexicana prestó atención a la perspectiva de género.
Posteriormente, se dio a conocer el Decreto por el se reformaba el Reglamento de la Ley del Servicio Exterior Mexicano, promulgado el 12 de noviembre de 1997 y publicado en el Diario Oficial del 13 de noviembre de 1997.
Se destacaba en el Artículo 1º de este Reglamento que el Servicio Exterior Mexicano sería el cuerpo permanente de funcionarios del Estado, encargado específicamente de representarlo en el extranjero y responsable de ejecutar la política exterior de México, de conformidad con los principios normativos que establece la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos.
El Servicio Exterior dependería del Ejecutivo Federal. Su dirección y administración estarían a cargo de la Secretaría de Relaciones Exteriores.