La Mapoteca se empezó a configurar hace 139 años (1877) dentro del Departamento de Cartografía del Ministerio de Fomento con el apoyo del ministro Vicente Riva Palacio y Porfirio Díaz. En 1977 se le otorga el nombre de Mapoteca "Manuel Orozco y Berra", a iniciativa del capitán Silvino Aguilar Anguiano, para reconocer la labor de este destacado historiador y geógrafo del siglo XIX.
La Mapoteca "Manuel Orozco y Berra" actualmente se encarga de resguardar todo el acervo referente a la creación de levantamientos topográficos, llevados a cabo entre el siglo XVII y XX.
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