- Oficina del Secretario
- Subsecretaría de Control y Auditoría de la Gestión Pública
- Subsecretaría de Atención Ciudadana y Normatividad
- Subsecretaría de la Función Pública
- Oficialía Mayor
- Secretaría Ejecutiva de la Comisión Intersecretarial para la Transparencia y el Combate a la Corrupción en la A.P.F.
- Unidad de Asuntos Jurídicos
- Unidad de Gobierno Electrónico y Política de Tecnologías de la Información
- Unidad de Servicio Profesional y Recursos Humanos de la A.P.F.
- Unidad de Vinculación para la Transparencia
- Unidad de Control y Evaluación de la Gestión Pública
- Unidad de Auditoría Gubernamental
- Auditorías Externas
- Unidad de Normatividad de Adquisiciones, Obras Públicas, Servicios y Patrimonio Federal
- Contraloría Interna
- Dirección General de Comunicación Social
- Dirección General de Operación Regional y Contraloría Social
- Dirección General de Atención Ciudadana
- Dirección General de Responsabilidades y Situación Patrimonial
- Dirección General de Inconformidades
- Dirección General de Simplificación Regulatoria
- Dirección General de Eficiencia Administrativa y Buen Gobierno
- Dirección General de Estructuras y Puestos
- Dirección General de Programación y Presupuesto
- Dirección General de Modernización Administrativa y Procesos
- Dirección General de Administración
- Dirección General de Informática
- Dirección General de Información e Integración
- Supervisoría Distrito Federal
- Supervisoría Baja California
- Supervisoría Chiapas
- Supervisoría Chihuahua
- Supervisoría Jalisco
- Supervisoría Quintana Roo
- Supervisoría Sonora
- Supervisoría Tamaulipas
Órganos de Vigilancia y Control
- Coordinación General de Órganos de Vigilancia y Control
- Sector Desarrollo Económico
- Sectores Desarrollo Social y Recursos Renovables
- Sector Educación, Cultura, Ciencia y Tecnología
- Sector Energía
- Sector Hacienda
- Sector Salud, Trabajo y Seguridad Social
- Sector Seguridad Nacional