Entre sus responsabilidades relacionadas con la fitosanidad federal se incluye la coordinación del equipo encargado de redactar la Ley Federal de Sanidad Vegetal. Ha sido funcionario de la ONPF de México durante 25 años. Participó como experto FAO en la redacción del texto actual de la Convención Internacional de Protección Fitosanitaria.
 
El Dr. Trujillo ha sido elegido como uno de los siete miembros del Bureau, órgano de gobierno de la Convención Internacional de Protección Fitosanitaria, y fue electo como Vicepresidente de la Mesa (Bureau) para el periodo 2016 - 2017 de la Comisión de Medidas Fitosanitarias. Ha sido experto de la FAO para promover la aplicación del Código Internacional de Conducta para el uso de plaguicidas; participación en la operación de dos programas académicos de Agroecología.

Es socio activo de la Academia de Ingeniería, en la cual coordina el Programa Multidisciplinario de Alimentos y Desarrollo Rural. Ha tomado parte en el desarrollo de un programa estatal para promover la adopción de Buenas Prácticas Agrícolas entre los horticultores de Guanajuato, México. Ha publicado 17 artículos científicos con arbitraje. Editor de 3 libros. Autor de 4 capítulos en libros y de 6 ensayos.

Ha recibido los siguientes reconocimientos y premios:

  • Doctor Honoris Causa otorgado por la Universidad Autónoma Chapingo, el 23 de abril de 2013.
  • Premio el Jimador, al personaje del año, por el Consejo Regulador del Tequila, el 20 de noviembre de 2015.
  • Condecoración de la Orden de Isabel la Católica, en Grado de Encomienda con Insignia, otorgada por el Rey de España, el 5 de diciembre de 2009, y entregada por el embajador de España en la Residencia de la Embajada de España en México, el 19 de septiembre de 2011.
  • Miembro titular de la Academia de Ingeniería, con ingreso en 1998
  • Investigador Nacional (SIN-SEP-CONACYT). Investigador Nacional Nivel I, desde 1994 a 1997.
  • Premio Harvey I. Magy 1987. Department of Entomology. University of California, Berkeley, en reconocimiento al desempeño académico como estudiante graduado. Otorgado por primera vez a un estudiante extranjero;
  • Beca completa, otorgada por USAID, para realizar estudios de postgrado en la Universidad de California, Berkeley durante el periodo 1984-1987.
  • Premio Gilberto Palacios de la Rosa a la mejor tesis del año 1981 en la Universidad Autónoma Chapingo.