El SENASICA instaura científica y técnicamente, los requisitos en materia zoosanitaria que deben cumplir las mercancías pecuarias de importación y exportación. Asimismo negocia y establece acuerdos de reconocimiento de las condiciones zoosanitaria con países interesados en llevar a cabo el intercambio comercial.

Con ello, se ha logrado establecer compromisos internacionales en materia zoosanitaria, con la finalidad de apoyar a los sectores pecuarios y facilitar la apertura de los mercados internacionales de animales y mercancías de origen pecuario.

Las actividades generales que la institución coordina son: los protocolos zoosanitarios tendientes al reconocimiento de equivalencias de los servicios veterinarios y de inspección; el reconocimiento de zonas libres o de baja prevalencia de enfermedades de alto riesgo para los países con los que tenemos intercambio comercial y la verificación de los requisitos, para que estén acorde con lo suscrito en las normas internacionales.

Adicionalmente se coordinan los planes y estrategias para las visitas de evaluación y auditorias de las autoridades sanitarias de países correspondientes para abrir mercados internacionales.