Existen 3 áreas principales Fitopatología, Entomología y Acarología, y Aves, Roedores y Malezas; las cuales se conforman de los siguientes laboratorios:
Bacteriología: se encarga de detectar e identificar bacterias fitopatógenas de importancia cuarentenaria y económica en material vegetal y en algunos otros materiales.
Biología Molecular: se encarga de la detección de fitopatógenos que no se pueden detectar mediante técnicas tradicionales, por lo que se tiene que recurrir a las herramientas moleculares. Así mismo se encarga de analizar mediante secuenciación los resultados de las muestras que resultan positivas a dichos patógenos, este análisis complementario confirma la identidad y se respalda la presencia del patógeno analizado para generar un diagnóstico integral.
Entomología y Acarología: realiza diagnósticos fitosanitarios de plagas insectiles y ácaros de importancia agrícola. Tiene bajo su resguardo la Colección Entomológica de la DGSV especializada en plagas de importancia económica y cuarentenaria. Además proporciona los servicios de consulta, préstamo e intercambio de ejemplares con otras instituciones.
Malezas: el área de malezas realiza diagnósticos de malezas en apoyo a los programas oficiales como vigilancia epidemiológica y en productos de importancia económica o agrícola. Mantiene una colección de referencia de semillas de malezas cuarentenarias conformada por 15 familias, 29 géneros y 31 especies.
Roedores y aves: analiza y desarrolla temas relacionados con las tecnologías y procedimientos de estas plagas que atacan cultivos durante su producción, cosecha y almacenamiento, así como los métodos para su control y los factores que intervienen en su manejo.
Micología: realiza actividades de diagnóstico con la finalidad de detectar e identificar hongos fitopatógenos de importancia económica y cuarentenaria.
Nematología: realiza diagnósticos con la finalidad de detectar e identificar aquellos nematodos de interés cuarentenario o de importancia económica. Cuenta con un banco de información sobre distribución, incidencia, daños e importancia económica que los nematodos tienen en la agricultura.
Virología: realiza procedimientos y técnicas de diagnóstico para detectar e identificar virus fitopatógenos de importancia económica y cuarentenaria.
Se cuenta además con un laboratorio movil lo cual permite una identificación inmediata de plagas en situación de emergencia que lleguen a presentarse en cualquier parte de México.