Se localiza en los municipios de Acaponeta, Rosamorada, Santiago Ixcuintla, Tecuala y Tuxpan en Nayarit y destaca por albergar uno de los sistemas de humedales de mayor relevancia en la costa del Pacífico Mexicano, que contiene una gran biodiversidad debido a su extensión, estructura, productividad y estado de conservación.
En la zona de Marismas Nacionales Nayarit la mezcla de aguas marinas y dulces forman cuerpos lagunares costeros considerados como los más productivos del noroeste del país y funcionan como un corredor biológico de gran importancia para refugio, alimentación y reproducción de aves residentes y migratorias.
En la Reserva se encuentran especies de flora y fauna endémicas, amenazadas, sujetas a protección especial o en peligro de extinción, enlistadas en la NOM-059-SEMARNAT-2001, entre las que se destacan el mangle rojo (Rhizophora mangle), el mangle negro (Avicennia germinans), el mangle botoncillo (Conocarpus erectus) y el mangle blanco (Laguncularia racemosa).
Además de que es el hábitat de cerca de 240 especies de vertebrados, entre ellos jaguar, jaguarundi, ocelote, cocodrilo de río, además de cuatro especies de tortugas marinas: blanca, laúd, carey y golfina.
