En 1994
- Se decretó como Reserva de la Biósfera a la Sierra la Laguna, ubicada en Baja California Sur. Es considerada por algunas organizaciones internacionales como prioritaria para la conservación al constituir la única selva seca de la península de Baja California y una de las mejor conservadas del Pacífico mexicano.
- La Reserva de la Biósfera Sierra de Abra Tanchipa se ubica entre los municipios de Ciudad Valles y Tamuín en San Luis Potosí. Destaca por el estado de conservación de sus selvas tropicales caducifolias y subcaducifolias. Es el hábitat de la guacamaya verde y loro tamaulipeco, especies consideradas en peligro de extinción.
- Recibe el nombre de Reserva de la Biósfera la región conocida como Archipiélago de Revillagigedo, ubicada en el Océano Pacífico. Está integrada por cuatro áreas: Isla San Benedicto, Isla Clarión o Santa Rosa, Isla Socorro o Santo Tomás e Isla Roca Partida. Cuenta con una gran riqueza de especies de flora y fauna terrestres y marinas de alto valor biológico, algunas de ellas únicas en el mundo.
- Arrecife Alacranes en Yucatán se decretó como Parque Nacional para proteger y conservar la más grande estructura coralina del Golfo de México y está inscrito como sitio Ramsar.
- Se decretó como Área de Protección de Flora y Fauna la región conocida como Yum Balam en Quintana Roo, la cual conserva las selvas tropicales más norteñas existentes en un área natural protegida. Incluye la Isla de Holbox, un área de mar, la Laguna Conil, así como un gran sistema de humedales y un mosaico de selvas bajas y medianas. Protege alrededor del 90% de las aves endémicas de la Península.
- Laguna de Términos ubicada en Campeche se decretó como Área de Protección de Flora y Fauna por la extensión y riqueza natural de su sistema lagunar estuarino. Es una importante zona de anidación de tortugas marinas y de migración para las aves.
En 1995
- Cabo Pulmo fue decretado como Parque Marino Nacional en Baja California Sur por ser el único sitio que cuenta con arrecifes coralinos en el Pacífico Este y Golfo de California. Está inscrito en la UNESCO como sitio de patrimonio mundial natural.
- Se decretó como Reserva de la Biósfera a la región de La Sepultura en Chiapas y forma parte de la Sierra Madre. Alberga ecosistemas con altos índices de endemismo como el bosque lluvioso de montaña y de niebla, así como selvas caducifolias.
- La Encrucijada fue denominada como Reserva de la Biósfera en Chiapas por ser una de las regiones de humedales más abundante, diversa y productiva de México. También fue incorporada a la Convención sobre Humedales de Importancia Internacional (Ramsar).