La Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas administra actualmente 177 áreas naturales de carácter federal que representan más de 25,628,239 hectáreas y apoya 369 Áreas Destinadas Voluntariamente a la Conservación, con una superficie de poco más de 404,516.17 hectáreas.

Los arrecifes son los concentradores de alta diversidad marina. En el sureste forman un cinturón, el segundo más largo del mundo, el Sistema Arrecifal del Caribe Mesoamericano que va de la costa oriental de la Península de Yucatán, a lo largo de la costa de Quintana Roo hasta Honduras;

Las islas concentran una enorme cantidad de formas de vida únicas por su separación de otras tierras y por su dificultad de acceso y colonización para cualquier forma de vida.

Un ecosistema que merece especial atención es el de los cenotes.

Los humedales son vitales como refugio de cientos de especies de aves establecidas o migratorias.

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