Nació en la ciudad de Puebla, Puebla el 9 de octubre de 1959. Ingresó a la Heroica Escuela Naval Militar el 4 de agosto de 1975, donde estudió la carrera de Cuerpo General hasta graduarse como Guardiamarina el 1 de septiembre de 1980.

Durante su historia académica cuenta con los cursos de: Especialista en Informática, Mando Naval (Especialidad en Mando Naval), Estado Mayor (Maestría en Administración Naval), Maestría en Seguridad Nacional y Doctorado en Defensa y Seguridad Nacional; efectuados en el Centro de Estudios Superiores Navales.

Asimismo, fue Catedrático del Centro de Estudios Superiores Navales.

En su trayectoria naval se ha desempeñado en diversas comisiones en las que destacan haber sido Oficial Subalterno y Segundo Comandante en diversas unidades de superficie de la Armada de México. Ayudante del C. Almirante Jefe de Operaciones Navales. Jefe de Sección Académica en la Heroica Escuela Naval Militar.

Ayudante Naval del C. Almirante Secretario de Marina. Jefe de Ayudantes del C. Almirante Secretario de Marina. Agregado Naval en la Embajada de México en E.U.A.

Así como Jefe de Sección del Estado Mayor en la Tercera Zona Naval. Jefe de Sección del Estado Mayor en la Décima Zona Naval. Jefe de Sección del Estado Mayor en la Tercera Región Naval. Director de área en la Dirección General Adjunta de Desarrollo y Sistemas. Jefe de la Unidad de Comunicación Social.

Comandante del Cuartel General del Alto Mando.

El Almirante José Luis Vergara Ibarra ha recibido las condecoraciones por Perseverancia de Sexta a Primera Clase por haber cumplido de 10 a 35 años en el Servicio Activo de la Armada de México. Perseverancia Excepcional de Tercera Clase por haber cumplido 40 años en el servicio activo de la Armada de México.

Mención Honorífica por haber aprobado, por unanimidad, su Examen Profesional.

Ascendió al grado que hoy ostenta el 20 de noviembre de 2014, y a partir del año 2015, fue designado Oficial Mayor de Marina.