A cargo de la Subsecretaría de Derechos Humanos se encuentran las Unidades Administrativas encargadas de garantizar el respeto y protección de los derechos humanos, reducir la discriminación y la violencia contra las mujeres.

Las Unidades adscritas a  la Subsecretaría de Derechos Humanos son: 
  • Unidad para la Defensa de los Derechos Humanos
  • Dirección General de Política Pública de Derechos Humanos
  • Dirección General de Estrategias para la Atención de Derechos Humanos
Por sus atribuciones los siguientes órganos desconcentrados están adscritos a esta Subsecretaría:
  • Comisión Nacional para Prevenir y Erradicar la Violencia contra las Mujeres