A cargo de la Coordinación Nacional de Protección Civil se encuentran las Unidades Administrativas encargadas de coordinar el Sistema Nacional de Protección Civil para salvaguardar a la población, sus bienes y entorno ante fenómenos perturbadores.

Las Unidades adscritas al Coordinador Nacional de Protección Civil son: 
  • Dirección General de Protección Civil
  • Dirección General para la Gestión de Riesgos
  • Dirección General de Vinculación, Innovación y Normatividad en Materia de Protección Civil
Por sus atribuciones los siguientes órganos desconcentrados están adscritos a esta Subsecretaría:
  • Centro Nacional de Prevención de Desastres