De acuerdo con el artículo 29, fracción III, de la Ley Federal de Fomento a las Actividades Realizadas por Organizaciones de la Sociedad Civil, el Consejo Técnico Consultivo tiene la facultad de integrar las comisiones y grupos de trabajo que sean necesarios para el ejercicio de sus funciones. 

Las comisiones vigentes del Consejo son las siguientes:

  1. Comisión de Marco Legal Coordinador: Consejero José Luis Gutiérrez Lozano
  2. Comisión de Políticas Públicas y Evaluación Coordinador: Consejero Elio Arturo Villaseñor Gómez
  3. Comisión de Temas Internacionales Coordinadora: Consejera Lorena Cortés Vázquez
  4. Comisión de Participación y Comunicación Coordinadora: Consejera Paula Sofía Takashima Aguilar
  5. Comisión de Registro Coordinadora: Consejera María Magdalena Ríos Pardo
  6. Comisión de Ética y Transparencia Coordinador: Consejer Mario Gumercindo Flores Pastelín
  7. Grupo de Apoyo Técnico Coordinadora: Consejera Gabriela Sánchez Gutiérrez